是日本佛教主要宗派之一，又名一向宗、本願宗、門徒宗，由法然之弟子親鸞在鎌倉時代初期（約12世紀）所創立，為繼承法然的日本淨土宗而發展的教團。在明治維新前，淨土真宗是日本佛教唯一許可僧人娶妻生子的教派。宗綱是：「信心正因，稱名報恩」。
1592年淨土真宗第十一代法主顯如去世後發生繼承權紛爭，其子教如與准如爭立。豐臣秀吉立准如為法主。1602年教如得到德川家康的寄付而創派，脫離准如，另建新教團，是為東本願寺派，又稱大谷派；而准如等人的一脈，稱「淨土真宗本願寺派」，簡稱「本願寺派」。
而鹿港龍山寺則是本願寺派之傳教據點。
明治三十六年八月，龍山寺第十二代住持林文蓮逝世，林文蓮臨終前將寺印、僧印、田契託付光明智曉，在向阿彌陀佛畫像合掌念佛十餘聲後，瞑目圓寂，享年四十二歲，為鹿港龍山寺之末代住持。
明治三十七年四月十二日，日本真宗本願寺承認鹿港龍山寺為本願寺的分寺，廢除原龍山寺之名，八月九日獲台灣總督兒玉源太郎發給許可證明。
至此，鹿港龍山寺正式遭廢，奉祀主神觀音菩薩等神像皆被移除，變為奉祀阿彌陀佛的日本真宗本願寺分寺，寺方的財產也一併被侵奪移轉，改由日本光明智曉教師兼任龍山寺住持來管理。